پژوهشکده مطالعات اسلامی آسیب‌های اجتماعی، در سال 1397 به پیروی از منویات رهبر معظم انقلاب اسلامی و با همت دانشگاه شاهد، تاسیس گردید. این پژوهشکده با هدف بررسی عمیق و همه جانبۀ پنج آسیب اجتماعی عمده کشور، یعنی طلاق، مسائل فضای مجازی، اعتیاد، فقر و حاشیه‌نشینی و مفاسد اخلاقی و جنسی، فعالیت خود را آغاز کرد.
این نهاد علمی در ابتدا با تشکیل شش کارگروه تخصصی، گام‌های موثری در جهت شناخت ریشه‌های این آسیب‌ها و ارائه راهکارهای مبتنی بر آموزه‌های اسلامی برداشت که نتایج آن ارائه طرح های پژوهشی بود. در حال حاضر، پژوهشکده از سه گروه مطالعات روانشناختی آسیب‌های اجتماعی، مطالعات جامعه شناختی آسیب‌های اجتماعی و مطالعات مدیریت آسیب‌های اجتماعی تشکیل شده است. پژوهشکده آماده همکاری با نهادهای مختلف در جهت تولید محتوای پژوهشی و کاربردی مرتبط با آسیب‌های اجتماعی است.